As per the Albanian law on border control (article 16.2.a):
Nuk vendoset vulë në hyrje ose dalje në: dokumentet e udhëtimit të shtetasve të Republikës së Shqipërisë, të Bashkimit Europian, të Zonës Ekonomike Europiane, të Zvicrës, të Andorrës, të Monakos dhe të San Marinos
Translated:
There are no stamps on entry or exit for: travel documents from the Republic of Albania, the European Union, the European Economic Area, Switzerland, Andorra, Monaco and San Marino.
So no, as an EU citizen you weren't supposed to have your passport stamped.